僅憑一紙協議 難保臺商權益
對於臺商最關心的三大議題：人身安全、土地拆遷補償、商務仲裁，大陸方面在此次投保協議中，都明文加以保障。但證諸過去的實際案例，臺商權益保障還要視各地政府的重視程度而定。
國臺辦常務副主任鄭立中說，相信在兩岸關係和平發展下，「廣大的臺灣投資者及在大陸投資企業的相關人員，不會涉及國家安全及恐怖犯罪。」
即便如此，臺商在大陸卻經常因爲不瞭解大陸法律而「誤觸」法網，被關押後又無法即時通報親屬，造成臺商及其家屬的身心煎熬。
大陸臺商以代工出口爲主，因此最常「誤觸」的法律是「走私」，但對大多數臺商來說，大陸所謂的「走私」可能只是臺灣所認定的「逃稅」；在臺灣逃漏稅，大多數情況是補稅就了事，但在大陸，只要逃稅金額在5萬元（人民幣，下同）以上，就有刑責。但大陸的逃漏稅罰則、刑責太重，而且處理過程非常不透明，甚至違反人權。
去年11月，就在東莞臺協18週年慶前一天，一位當地臺商工廠突然被幾名所謂「海關人員」闖入，扣走電腦等「證物」，臺商爲息事寧人，當場交了100 萬港幣的現金給所謂「海關人員」。但事後，被害臺商向當地海關查詢，卻沒有發現所謂「查廠行動」，被害臺商事後也不敢報警追人，平白損失100萬港幣。
幾年前，一位東莞臺協副會長也因爲「內外帳不清」（內銷和外銷的庫存混雜）被大陸海關判定「走私」，人因此被扣押，期間光是「活動費」就花了1千萬，後來還是臺商協會四處奔走，才把臺商救出來。
事實上，所有廣東臺商都知道：直到現在，東莞石碣的「臺商監獄」（專關在廣東犯罪的臺灣人）還關押200多名臺灣人，其中一半以上是涉及關務（逃漏關稅） 而入監服刑。
而根據海基會的統計，從1991年至2009年，臺商在大陸面臨人身安全的案件數量累計達1854件，其中以人身自由遭到限制爲最大宗，10年內就有509件，其次則是失蹤案，案件數達341件。
最讓臺灣人不能接受的是：大陸海關及稅務經常「突擊檢查」，一進工廠就扣押「證物」，這些「證物」經常是電腦、帳冊、發票等，如果有臺幹在場，也一併帶走。之後，連臺商家屬都不知道親人被帶到那裡去，失去臺乾的工廠也只能無限期停工。更有很多家屬由於完全不瞭解情況，想盡辦法跨海營救親人，甚至因爲「病急亂投醫」而誤陷詐騙圈套。
其實大陸政府相當重視臺商人身及財產保護，從此次投保協議的內容看，拘留臺商的通報時間由48小時縮短到24小時。甚至連大陸民衆都難以想像的「投資人對政府」的土地糾紛調解都納入協議中，但另一方面，仲裁後的執行速度及成效，在大陸行政主導的體制下，恐怕難以完全保障臺商權益。
24小時通報無拘束力
2007年，一家東莞臺商工廠的陸籍廠長盜賣外銷的保稅品被查獲，金額高達數百萬元人民幣，情節重大，臺商老闆從臺灣趕去處理，一入境就被拘留。一審判決臺商無期徒刑，再上訴後，透過臺灣多位立委的關說，才改判2年徒期，由於臺商已被拘留1年10個月，因此，判決下來後，並未服滿剩下的2個月刑期，就被驅逐出境。此案從臺商老闆主動從臺灣趕回去處理的情況判斷，臺商老闆應該事前並不知道陸籍廠長的犯行，但大陸法官卻只採信陸籍廠長的說詞。這是因爲大陸講究「坦白從寬」，陸籍廠長因此把臺商拖下水，以便替自己爭取減刑。
至於24小時通報規定的效力如何？兩岸法律扶助協會秘書長林則奘只表示：「如果公安不在24小時內通報，算違法嗎？其偵訊所得的證據是否就無效？」在臺灣，答案是肯定的，在大陸，則未必。
因爲根據大陸公安目前的偵訊程序，抓到臺商嫌犯時，都會問：「有無親友？」，但公安不會主動替臺商連繫親友，正常程序是立即通知當地臺辦。但對臺商家屬來說，各地臺辦不會主動連繫他們，必須臺商親友自行找臺辦詢問。但大陸那麼大，找那裡的臺辦纔對？這也是投保協議一定要確立通報窗口的原因。
臺灣檢調必須在24小時內申請法院羈押，法院如果不批准，檢調就必須立刻放人，相形之下，大陸公安的拘留權限很大，最長可以拘留嫌犯達37天。因此，臺灣如果被公安帶走，失蹤十幾天，在大陸的司法體制下，都算是「正常」。
37天后，如果因爲「案情複雜」，大陸公安還可以延長羈押時間，最多甚至可以超過1年。
最重要的是臺灣律師不能出庭，幫臺商打民刑事官司，大陸雖然已開放臺灣人取得大陸律師資格，但臺籍大陸律師並不能接刑事案件，即使是民事案例，也只能接「親屬繼承」案件，對於臺商最關心的貿易糾紛案例，臺籍律師根本沒有着力點。因此，即使有投保協議對於臺商的人身自由保障，意義並不大。
過去，海基會高層就曾經感嘆說：「臺商到大陸，沒有自己的律師可以幫忙打官司，沒有自己的會計師可以幫忙查帳。真的連外商都比不上。」