副手開戰／恩師李遠哲推教改失敗？陳建仁：國民黨推的
2016總統大選倒數21天，三黨的副總統候選人王如玄、陳建仁、徐欣瑩25日率先站上辯論臺開戰。王如玄在交叉詰問時，用懷疑的語氣指出陳建仁的恩師李遠哲推教改失敗，讓現在大學必須面對退場等等問題，問陳建仁怎麼看李遠哲推的教改、成績如何？陳建仁則趕緊撇清，表示教改是在國民黨時候推出來的，更要看教育部有沒有落實教育白皮書的建議，「沒有落實就落空。」
第三階段交叉詰問，王如玄說，她知道陳建仁跟中研院前院長李遠哲交情深厚，李遠哲更將陳建仁推薦給蔡英文當副手，但接着話鋒一轉，表示李遠哲當年推動的教育改革如今造成影響，大學面對退場，甚至民進黨主張用50到100億院退場轉型，但這些都是人民的血汗錢，另外技術人員也遇上斷層，種種教改政策，「好像都非回頭不可」，質問陳建仁怎麼看李遠哲的教改成績如何？孩子負擔有減輕？國家競爭力增加了嗎？
陳建仁則趕緊澄清，表示教改是在國民黨時期推出來的，並有許多小組共同推動，還說教育改革的過程中，提供給政府教育改革的意見，要有真的落實才重要，「沒有落實就落空。」
對於大學逐漸退場，陳建仁坦言現在臺灣的大學確實數目太多，但是民進黨主張大學應該慢慢地跟社區融合，讓年輕人就近就學，跟社區產業結合培養產業優秀人才；另外也要注意學術研究的重要，沒有好的研發就沒有突破性創新，所以頂尖大學還是必須存在，也會繼續推動繁星教育，讓弱勢、偏鄉的孩子也有機會進入頂尖大學。
至於12年國教，陳建仁認爲，應讓所有高中均質化、均優化，讓學生減少考試壓力，未來纔有更好的人格發展；並同意高職的部分應該要加強多元的訓練，技職學生跟業師學習的機會，技職教育才能成功。