基因定序 3年後取代生物晶片

臺大醫學院醫檢暨生技助理教授俞鬆良。圖/張承運

1999年就在臺大服務的俞鬆良是臺大醫學院院長楊泮池研究團隊重要的輔佐大將,目前是臺大醫學院醫學檢驗生物技術學系助理教授及臺大醫學卓越中心基因體醫學組微陣列核心國家型基因體計劃整合性功能基因體學核心實驗室的共同主持人,經常以實驗室爲家的他,樂於投入有趣且富挑戰性的研究計劃。

俞鬆良因服國防役、於1999年到臺大,開始爲期四年的博士後研究,從2002年年底開始協助楊泮池的生物晶片實驗室(成立於2000年)的運作,於2003年直接進入楊泮池的實驗室,爲期約1年半。之後,進入臺大醫院醫研部,並於2007年至醫技任教職。因此從2002年起就開始參與了楊泮池院長大部分的大型計劃,從觀念上的討論、研究計劃的撰寫、實驗的執行、實驗數據資料分析論文的撰寫等都有參與。

因長期參與楊泮池各大型研究計劃,俞鬆良對楊泮池打從心底的佩服和景仰。他說,楊泮池是位人格特質領導風格很少遇到且相當優質的人,「想法開放、充分授權、學識淵博、文化涵養」是其主要特質,特別是不會因身爲主管階層而有落後時代潮流情況,他的想法總是更先進的跑在前頭,其學識涵養令人十分景仰而總能信服於他。楊泮池領導下的計劃主持人、研究員或老師,一直到博士班碩士班學生等整個研究團隊是比較活潑自由的團隊,有很好的實驗室文化及風氣,其在中研院的實驗室着重於基礎研究,在臺大醫學院的實驗室則着重於轉譯醫學及臨牀診斷與治療方向,因設備完整,在醫院的檢體與國家經費高通量篩檢儀器設備支援下,可從事較大規模的實驗、收集檢體和進行篩檢。

俞鬆良指出,美國總統歐巴馬於去年提出CR21前瞻計劃,編列了很多預算在肺癌組織研究,相較於臺灣官方癌症醫學研究的投資明顯不足於歐美各國的情況下;我們會專注於癌症組織研究,不能讓老美專美於前。他有信心證明楊泮池團隊在肺癌基因體醫學的原創性概念,絕對不亞於歐美各國。

基因定序成重要分析平臺

俞鬆良說,臺灣從明年開始的國家型計劃,基因定序已被點名爲一重要分析平臺,當成立基因及蛋白質結構分析核心設施實驗室後的幾年,基因定序平臺將持續成熟,未來2~3年會有第三代、第四代定序儀等新技術推出,臺灣可以等嗎?如能買到更先進技術固然很好,研究成果如有好設備會加速其結果。但是,一個正確的研究加上充分運用現有設備,進而加快研究腳步,或許會比等更新的設備還要更快,先做出來的先贏,而且在整個科研體系,量大未必是最好的,質精纔是最好的,有「原創性概念」是最了不起的。原創性必須是第一個發現或第一個證明概念,僅需少數檢體、少數經費(設備及資源),就可做到證明概念。後來的人就辛苦了,因爲概念已經被證明了,接下來就要大規模驗證它,需要很多檢體和數據資料。

因此,要有「足夠多的實驗儀器」和「分析數據的能力」,前者在臺灣受限於經費,沒有辦法像國外研究中心,能在單一機構就擁有很多設備,可藉由功能上集合幾個實驗室設備來達成;後者則是很有挑戰性的部分,甚至會比實驗操作本身有更高挑戰性。目前的做法是將現有資源集結爲若干大型整合性實驗室,另由生技公司參與計劃合作,例如:由Applied Biosystems(應用生命系統公司)提供3臺新世代定序機器共同協助楊泮池院長大型計劃的進行,即是一種非常有效率的合作模式。

解決科學.醫界問題良方

俞鬆良表示,最慢3年後,整個基因定序系統將完全取代生物晶片系統。目前,機器型態仍會一直再升級,看得到的是新世代基因定序技術及其設備,很難想像未來3~5年間,還有什麼科學方法可超越這樣的研究策略,將整個基因體研究,舉凡核酸研究,不管是DNA、RNA或各式各樣的基因體、表觀基因體等,都被其涵括進去,更會發現全世界大型國家研究中心把很多經費都放在DNA定序設備上,它都可爲解決各種基礎科學的興趣、疑問或臨牀等問題提供很好的解決方式。